A Heraklion nemzetközi repülőtér nincs messze a belvárostól, mindössze 5 km távolságra van. A híres krétai íróról és filozófusról, Nikosz Kazantzakiszról nevezték el, IATA jelzése: HER.
Kréta legforgalmasabb repülőtere ez, amely kiszolgálja a környék legnagyobb üdülővárosait, ezek közé tartozik Malia, Agios Nikolaos, Hersonissos, Stalida, Elouda és természetesen a főváros Heraklion. A Heraklion nemzetközi repülőtérre a WizzAir Budapestről induló járataival juthatunk el, amelyek szezonálisan közlekednek.
Sajnos a repülőtér kapacitás kisebb az itt megforduló utasok számánál, így úgy döntöttek, hogy egy új repülőteret építenek. Ez lesz a Kastelli Pediados. A nyári hónapokban sok utasnak a terminál épülete előtt kell várakozni, mert bent nincs hely. A kifutópályáról nem szabad képeket készíteni, mert a Hellenic Air Force – görög légierő – egyik bázisa is itt található.
Az új repülőtérhez új út fog vezetni és 40 km-re lesz majd Herakliontól. Kifutópályája nagyobb gépeket is képes fogadni.